第一章对贡曼将秘诀续隆病至求嗣章中难以理解的词句依据怀贡多杰和贡曼曲吉参尖两位上师的观点，尤其前贤们所著各类《金注》进行了详细的注释。第二章对后补续引言至切脉诊断、尿诊依次进行了注释，从第三章汤剂开始对方剂中所涉及药材的产地、性味、分类、辨识、功效等在不违背《晶镜本草》观点的基础上，借鉴宿喀《后补续药物辨认明示》和张迪《实践小册》等权威资料对识别易混乱和有疑问的药材进行了一一注释。